Vzniká nová súťaž - I. liga, mení sa počet účastníkov v Corgoň lige a II. lige, mení sa aj hrací systém. Úplnou novinkou bude prelínacia súťaž medzi dvoma najvyššími súťažami, ktorá sa bude hrať na jar 2007.
Corgoň liga
Mužstvá odohrajú základnú časť systémom každý s každým doma - vonku. Po 22 kolách bude nasledovať nadstavbová časť v dvoch skupinách.
Mužstvá na 1.-8. mieste budú pokračovať v boji o titul, každý s každým doma - vonku (14 kôl). Body zo základnej časti sa zaratúvajú.
Mužstvá na 9.-12. mieste spolu s prvými štyrmi tímami z I. ligy utvoria osemčlennú skupinu, začnú od nuly a stretnú sa každý s každým doma - vonku (14 kôl). Prvé štyri budú hrať v nasledujúcom ročníku v Corgoň lige, ďalšie štyri v I. lige.
I. liga
Základná časť bude dvojkolová a mužstvá odohrajú zápasy každé s každým doma - vonku (22 kôl).
V nadstavbovej časti sa spoja mužstvá na 1.-4. mieste s mužstvami z Corgoň ligy na 9.-12. mieste a systémom doma - vonku budú bojovať o postup (14 kôl). Štyri úspešnejšie budú hrať v ďalšom ročníku v najvyššej súťaži, ostatné štyri v prvej lige.
Mužstvám na 5.-12. mieste body zostanú a pokračujú systémom doma - vonku (14 kôl). Posledné dve vypadnú do druhej ligy podľa územnej príslušnosti.
II. liga
Odohrá sa v dvoch skupinách - západ a východ - každý s každým doma - vonku (26 kôl). Víťaz každej skupiny postúpi do I. ligy a dve posledné mužstvá zostúpia do príslušných tretích líg. Zo štyroch tretích líg postúpia víťazi do druhých líg.
Druhé ligy štartujú 5. augusta. V tej západnej štartujú z nášho regiónu Nitra B, Vráble a Báč.