V tejto funkcii pôsobil v rokoch 2002 až 2004. V mnohom zúročil svoje skúsenosti a poznatky, ktoré od septembra 2001 do marca 2002 osobne získal počas pôsobenia v mierových zahraničných misiách ako veliteľ jednotky KFOR a AFOR. Príslušníci jeho jednotky vykonávali odmínovacie práce a postavili niekoľko civilných objektov. Pre prácu v armáde bol vždy zapálený. Po dvojročnom pôsobení v Nitre postúpil na Generálny štáb ozbrojených síl SR. Tu už v hodnosti plukovníka pôsobil od roku 2004 vo funkcii zástupcu veliteľa Centra riadenia operácií Ministerstva obrany SR. Ako skúsený vojak odtiaľto riadil mnohé operácie ozbrojených síl doma i v zahraničí. „Z Kosova sa vracal spolu s vojakmi, ktorých na niekoľko dní navštívil v rámci inšpekcie v misii v Prištine. Zisťoval potreby vojakov pôsobiacich v tomto, najmä v zime v nehostinnom, prostredí. Po návrate mal odstrániť prípadné nedostatky a riešiť požiadavky vojakov,“ informoval nás Martin Kovalík z tlačového oddelenia Ministerstva obrany SR.