Hlavnú kostru siete cyklotrás tvorí Podunajská cyklomagistrála, z ktorej v Komárne odbočujú Vážska cyklomagistrála a Ponitrianska cyklomagistrála. Ďalším dôležitým bodom je Štúrovo, kde z Podunajskej cyklomagistrály odbočujú Pohronská a Ipeľská cyklomagistrála. Zo Zlatých Moraviec vychádzajú Požitavské cyklotrasy. Napriek tomu zaberá kraj v realizácii cyklotrás posledné miesto spomedzi všetkých krajov na Slovensku. Na porovnanie - v Nitrianskom kraji je zhruba 350 kilometrov cyklotrás, v Žilinskom kraji je ich približne 2000 km.
Podľa štúdie, ktorú vypracovala Katedra geografie a regionálneho rozvoja Fakulty prírodných vied Univerzity Konštantína Filozofa v Nitre, je v kraji zdokumentovaných 67 cyklotrás. Väčšina z nich však nie je v teréne vyznačená. Veľká časť cyklotrás vedie po cestách II. a III. triedy s nižšou frekvenciou dopravy a po spevnených účelových komunikáciách pozdĺž vodných tokov. Podľa vedúceho oddelenia cestovného ruchu Úradu NSK Karola Juricu sú najväčšou brzdou budovania nových cyklotrás okrem financií najmä nevysporiadané pozemky, cez ktoré by tieto trasy mohli viesť.
V samotnom krajskom meste Nitra je 12 kilometrov cyklotrás, ďalších 28 kilometrov je projekčne pripravených. Cyklotrasy sú situované v Mestskom parku na Sihoti, na Zobore, Klokočine a pri rieke Nitra. Ak sa podarí mestu získať peniaze na výstavbu, nové cyklotrasy by mohli pribudnúť na sídliskách Chrenová, Klokočina, Párovce, v Starom Meste, Mlynárciach a Krškanoch. Od roku 2011 premáva v meste pod Zoborom v letných mesiacoch cyklobus.
