História väčšiny obcí na Slovensku siaha do dávnej minulosti. Platí to tak aj o obci Čierna Voda. Po prvýkrát sa spomína ako Nek v Zoborskej listine z roku 1113. Začiatkom 14. storočia patrila Čierna Voda k panstvu Matúša Čáka, neskôr bola poddanskou dedi